填充柱的進樣器一端應留出足夠的一段空柱（至少50mm），以防插入的進樣針觸到填在柱端的玻璃纖維或柱填充物；在檢測器一端，也應留出足夠的一段空柱（至少40mm），以防噴嘴底端觸到填在柱端的玻璃纖維或柱填充物，另外，由于玻璃的剛性，玻璃填充柱兩邊必須同時在進樣器和檢測器兩端安裝，如圖：

         

熔融毛細管柱很規整，不需要加以整理，但柱端應新切，無毛口，邊緣齊整，除掉來自柱、固定相、密封墊圈的微粒物質，這些很重要。為此，柱端要新切，用一適宜的玻璃切割工具（或陶瓷切割片），在欲切斷的部位劃痕。通常先裝上柱螺母和墊圈以后再進行切割。

                 

注意：戴上防護眼鏡以防在處理切割玻璃或熔融毛細管柱時產生的飛揚的顆粒物質對眼鏡的可能傷害。在處理毛細管柱時也應小心防止皮膚被扎傷。